В 2022 году Кирилл Сафонов вместе с семьей переехал в Израиль. Его жена, Александра Савельева, часто летает в Россию, и в результате супруги могут длительное время не видеть друг друга. Старшая дочь актера, Анастасия, проживает в США, но недавно навестила отца. В своем блоге Кирилл выложил фотографию с 30-летней дочерью, отметив, что она стала мудрее и взрослее него. Подписчики активно комментировали этот снимок, восхищаясь красотой Анастасии и тем, как быстро летит время.
Кирилл и его первая жена Елена поженились в 1991 году, у них родилась дочь Анастасия. После развода в 2001 году Настя осталась с матерью, а отец вернулся в Россию. Несмотря на расставание, Кирилл сохранил теплые отношения с экс-супругой и крепкую связь с дочерью. После смерти Елены в 2018 году Анастасия начала чаще видеться с отцом.
Сафонов был холостяком до 2008 года, когда познакомился с Александрой Савельевой. С тех пор они построили совместную жизнь, несмотря на слухи о разводе, которые неоднократно возникали. В 2019 году у них родился сын, что свидетельствует о крепости их отношений. Александра подчеркивает, что у них бывают конфликты, но они научились их преодолевать, в том числе с помощью психолога, и каждый год переосмысляют свои отношения.